Het woord orthomoleculair komt van orthos (=Grieks voor goed, of juist) en moleculen (de bouwstenen van ons lichaam). In de orthomoleculaire geneeskunde probeer je het lichaam van iemand te voorzien van een juiste en optimale hoeveelheid van alle natuurlijke stoffen. Dat wil zeggen dat er sprake moet zijn van aanwezigheid van voldoende vitaminen en mineralen en juist afwezigheid van afvalstoffen, toxinen, etc.
Een orthomoleculair arts zal in eerste instantie aandacht schenken aan de voeding, de keuzen daarin en de juiste kwaliteiten van die voeding. Vervolgens is de juiste bereiding van belang en ook hoe het wordt gegeten (goed kauwen, niet wegspoelen met drinken, niet gehaast eten, etc.). Verder is de opname van belang. Naast die gezonde voeding worden vaak gericht op een bepaalde klacht of aanleg die iemand heeft, extra voedingsstoffen gegeven, in de vorm van voedingssupplementen (pillen, capsules, tabletten).
Regulier wordt vaak alleen gekeken naar symptomen en niet naar de oorzaak. Als de medicatie helpt dan is dit vaak voor het leven. Orthomoleculair is men op zoek naar de oorzaak. De therapie zal er veel meer op gericht zijn om het lichaam te herstellen met zoveel mogelijk lichaamseigen stoffen, zodat het zelf weer zijn functies kan uitvoeren.